Het Benelux-Bureau en het OHIM controleren of de basisgegevens – naam, adres enz. – correct vermeld zijn in de aanvraag. Daarnaast onderzoeken ze ook de classificatie, de lijst van waren en diensten, en de betaling van taksen. De volledige en/of gedeeltelijke voorrang van een eerdere aanvraag kan ingeroepen worden binnen een periode van zes maanden, en de aanvaarding van een dergelijke claim zal ook onderzocht worden.
Het onderzoek naar de absolute grond van een weigering en – meer specifiek – het onderscheidende karakter van een merk gebeurt door het Bureau. Het merk mag geen beschrijving zijn van de waren en diensten in kwestie, mag niet misleidend zijn en mag de openbare orde en de goede zeden niet schenden. Als het merk volgens de onderzoeker niet onderscheidend maar eerder beschrijvend is, dan zal het initieel afgewezen worden. De aanvrager beschikt dan over een bepaalde periode waarin hij kan proberen om de beslissing van de onderzoeker te doen omslaan.
Derden kunnen gedurende een bepaalde periode bezwaren indienen – normaal 2 tot 3 maanden na de publicatie van het merk. De eigenaar van een recht kan bij het Bureau een bezwaar indienen voor de registratie van een merk, op basis van eerdere rechten. Om op de hoogte te worden gebracht van een nieuwe merkaanvraag die inbreuk zou kunnen plegen op uw bestaande rechten en om bezwaar te kunnen aantekenen binnen de voorgeschreven periode, moet u zich abonneren op een ‘watch’ voor merken, aangezien de meeste regionale en nationale merkensystemen in de EU geen citaten hebben.
Als de aanvraag alle hiervoor vermelde hindernissen heeft genomen, zal het merk geregistreerd worden en mag het symbool ™ gebruikt worden om dit aan te geven. De bescherming begint te lopen vanaf de aanvraag, maar enkel de registratie zelf biedt volledige bescherming.